วัดต้นแก้ว สร้างขึ้นเมื่อพุทธศักราช ๑๘๒๕ ตามประวัติวัดแจ้งว่า สร้างประมาณพุทธศักราช ๒๓๔๙ โดยสันนิษฐานว่าย้ายมาจากวัดดอนแก้ว ซึ่งเป็นวัดที่สร้างสมัยพระนางเจ้าจามเทวี เริ่มสร้างเมืองลำพูน ที่ย้ายมาเนื่องจากวัดดอนแก้วเป็นวัดใหญ่ขาดการดูแลรักษาจึงผุพังไปตามกาลเวลา พระอธิการกัณฑ์ จึงได้ย้ายมาสร้างวัดต้นแก้วขึ้นใหม่ โดยมีแม่เฟย พร้อมดัวยผู้มีจิตศรัทธาช่วยกันก่อสร้างวัด ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ พ.ศ. ๑๘๓๐
การบริหารและการปกครองอยู่ในอำนาจของเจ้าอาวาส มีเจ้าอาวาสเท่าที่ทราบนามมามีทั้งหมด ๑๐ รูป คือ รูปที่ ๑ พระอธิการกัณฑ์ รูปที่ ๒ พระอธิการอินจัย รูปที่ ๓ พระอธิการอิ่นคำ รูปที่ ๔ พระอธิการทองสุข รูปที่ ๕ พระมหาสม ใหญ่พงษ์ รูปที่ ๖ พระอธิการคำ เขื่อนเรือง รูปที่ ๗ พระอธิการทองดี สิงคลิง รูปที่ ๘ พระอธิการบุญชุม บวรธมโม รูปที่ ๙ พระอธิการผจญ อคฺคธมโม รูปที่ ๑๐ พระครูไพศาลธีลคุณ จนถึงปัจจุบัน
นอกจากนี้ยังได้สร้างที่อ่านหนังสือพิมพ์ประจำหมู่บ้าน สร้างศูนย์การเรียนชุมชน ( กศน. ) สร้างกลุ่มทอผ้าผู้สูงอายุ สร้างพิพิธภัณฑ์พื้นบ้านและศูนย์บูราณาการวัฒนธรรมสายใยชุมชนในวัด เนื่องจากว้าวัดต้นแก้วหรือวัดดอนแก้วในอดีต ตั้งอยู่ในตำบลเวียงยอง อำเภอเมือง จังหวัดลำพูน เป็นวัดที่เก่าแก่เกี่ยวกับพระนางเจ้าจามเทวีปฐมกษัตริย์แห่งนครลำพูน ความเป็นมาของวัดในอดีตประมาณ ๑,๓๐๐ ปี มาแล้ว
ท่านฤาษีวาสุเทพและท่านฤาษีสุกกทันตะ ได้พร้อมกันสร้างนครหริภุณชัยขึ้นและได้เทิดทูลเชิญเสด็จพระนางเจ้าจามเทวี ราชธิดาของพระเจ้ากรุงละโว้ขึ้นมาเป็นปฐมกษัตริย์ปกครองเมืองลำพูน พระนางเจ้าจามเทวีได้สร้างวัดขึ้นอยู่สี่มุมเมือง คือวัด ๑.ดอนแก้วหรือวัดต้นแก้วในปัจจุบัน ตั้งอยู่ทางทิศตะวันออก ๒.วัดอาพัทธาราม หรือวัดพระคงฤาษีในปัจจุบัน อยู่ทางทิศเหนือ ๓.วัดมหาลัดดาราม หรือวัดสังฆารามประตูลี้ ในปัจจุบัน อยู่ทางทิศใต้ ๔.วัดมหาวนาราม หรือวัดมหาวัน ในปัจจุบัน อยู่ทางทิศตะวันตก พร้อมได้บรรจุพระเครื่องสกุลลำพูนไว้มากมาย เช่น รรอด พระบาง พระลือ พระเลี่ยง พระสิบสอง พระลบ เป็นต้น นำไปฝังไว้ตามวัดต่างๆทั้ง ๔ ทิศ
